בין שלל פעילויות העמותה, פועל כולל חצות וכולל קבלה מיוחד במינו, שבו לומדים ומתעמקים אברכים מקובלים בפנימיות התורה.
כולל הקבלה מונה אברכים מקובלים ועמלי תורה העוסקים בחכמת הקבלה, מתעמקים בכתבי האר"י והרש"ש.
ובשעות הלילה המאוחרות פועל גם כולל חצות, בשעה בה כולם ישנים, והשכינה נמצאת, נשמעים קולות לימוד התורה מספסלי בית המדרש. אברכי הכולל, תלמידי חכמים ומקובלים, משכימים קום בחצות הלילה ועוסקים ברזי תורה עד עלות השחר.
"חֲצֽוֹת־ ליְלָה אָָ֭קוּם לְהוֹד֣וֹת לָָ֑ךְ על מִשְׁפְּטֵ֥י צִדְקֽךָ" הזוהר הקדוש מפליג כמעט בכל פרשה ופרשה במעלת הלימוד העצומה בזמן חצות
הלילה. זהו זמן מסוגל בו השכינה הקדושה יורדת לעולם, וחוט של חסד נמשך על הלומדים ומגן על הדור כולו (זוהר חדש, לך לך ל'). מלאך ממונה אוחז בנשמות אלו ומציגן לפני הקב"ה, וכאשר קמים בחצות ועוסקים בתורה – הקדוש ברוך הוא וכל הצדיקים בגן עדן מקשיבים לקול לימודם בשמחה גדולה (זוהר, לך לך ע"ז) .